Bổn Tôn Du-Già là tác phẩm của Đại sư Tsongkhapa nhằm hệ thống hóa và hướng dẫn chi tiết phương pháp tu tập Bổn Tôn Du-Già cho hành giả Mật thừa ở các bộ Hành, Hành Tác và Du Già Mật Điển. Nội dung sách trải rộng từ việc chuẩn bị căn bản (thọ quán đỉnh, giữ gìn giới nguyện) đến cách thức triển khai từng bước thực hành: tư thế ngồi, quán tưởng hình tướng bổn tôn, thủ ấn (mudrā) và trì tụng chân ngôn (thần chú). Qua đó, tác phẩm nhấn mạnh tầm quan trọng của việc kết hợp nghiêm mật giữa thân–khẩu–ý với lý quán tánh Không, từ đó hun đúc niềm kiêu hãnh thần thánh và đại bi tâm để chóng viên thành Phật quả.

Phần dẫn nhập giải thích bối cảnh và ý nghĩa của Hành Mật Thừa, Hành Tác Mật Thừa, kèm những quy tắc chuẩn bị như tắm gội, dâng cúng, xông hương… để thanh tịnh môi trường hành trì. Tác phẩm cũng nêu rõ việc thọ quán đỉnh phù hợp (quán đỉnh nước, mão thiên quan…), giúp hành giả trở thành “khí cụ xứng đáng” tiến vào Mật thừa.

Trọng tâm của sách tập trung vào pháp tu Bổn Tôn Du-Già. Trước hết, hành giả phải học cách “tự-quán thành bổn tôn”, tức quán tưởng chính mình hóa hiện thành thân thánh, hội đủ trang nghiêm của một vị Phật hay Bồ Tát (như Vairochana). Kết hợp với đó là quán tánh Không, nhìn nhận mọi hiện tượng, kể cả chính thân và tâm, như huyễn hóa. Đồng thời, việc quán bổn tôn trước mặt được nêu đầy đủ qua các nghi lễ: dựng trú xứ, thỉnh mời, dâng cúng, tán thán, sám hối và hồi hướng công đức. Nhờ vậy, hành giả tích lũy cả phước đức lẫn trí tuệ.

Phần hướng dẫn tư thế và thủ ấn được mô tả chi tiết: cách ngồi kiết già lưng thẳng, đầu hơi nghiêng, mắt hé mở, lưỡi chạm vòm miệng… để hỗ trợ an định. Tiếp đó, sách chỉ dẫn cách kết ấn (mudrā) bằng mười ngón tay, tượng trưng những sức mạnh vi tế trong Mật tông như ấn hộ trì, trấn áp, kết giới, dâng hương, v.v. Mỗi thủ ấn đi kèm cách bắt và ý nghĩa, giúp đồng bộ thân–khẩu–ý với cảnh giới bổn tôn.

Phần trì tụng chân ngôn giải thích bốn nhánh trì tụng (quán tự thân, quán bổn tôn trước mặt, quán vầng trăng hay âm thanh) cũng như nghi thức xoay tràng hạt, đếm số biến, sám hối và tu bổ khi gặp chướng ngại. Song hành cùng phương diện này là du-già có tướng (nhấn mạnh hiển hiện bổn tôn rõ nét) và du-già vô tướng (chú trọng quán tánh Không sâu xa), tạo thành hành trình trọn vẹn để hành giả thanh lọc nội tâm và nâng cao công phu.

Tựu trung, tập sách không chỉ trình bày lý thuyết mà còn đưa ra các hướng dẫn thực hành chi tiết, từ yếu tố ngoại (tắm gội, thiết lập đàn tràng) đến nội (quán tưởng, kết ấn, trì chú). Qua đó, Đại sư Tsongkhapa giúp hành giả nắm vững tinh hoa Bổn Tôn Du-Già, tiến bước trên đạo lộ Mật tông một cách có hệ thống và vững chắc, rốt ráo đạt thành tựu giải thoát vì lợi ích cho hết thảy chúng sinh.